得知李如松被困碧蹄馆，距其最近的大将杨元率领一千精骑连夜赶来救援。此时的战局并不明朗，明军虽然兵力远远不及倭军，可是并没有崩盘，倭军打得甚是辛苦。杨元部的到来，让小早川隆景误以为是明军的大部队来援，在他看来和四千人对战都已如此艰难，对方大部队来了岂不是更加无力对抗，于是倭军丝毫不敢恋战，率军退回了汉城。
碧蹄馆之战历时一天一夜，明军精骑死伤过半，倭军也付出了数千伤亡的代价。此战过后，李如松不敢贸然进军，加上当时倭军在汉城及周边地区集结了五万多人，单从双方兵力对比上来看，倭军有绝对的优势，于是李如松决定退回开城修整。
之后明军得到了错误情报：加藤清正率领的倭军第二军团将从咸镜道进攻平壤，李如松便率领明军从开城返回平壤，这导致了盟军朝鲜军队刚刚收复的幸州得而复失。得知幸州失守后，李如松深悔自己退兵太急，不过战场上瞬息万变，谁都难免犯错，一时的得失不算什么，笑到最后的才是胜利者。
明军的战况每隔三天就会有一封战报发回国内，用的是八百里加急。此次的小小失利被朝廷上的一帮给事中们夸大其词，纷纷要求万历皇帝降罪李如松，不达目的不罢休。万历皇帝心里知道这些言官的目的并不单纯，所说多半言过其实，无奈受不了他们的聒噪，只得下旨命李如松不得妄进，收到圣旨后，明军只能更加谨慎了。
李如松知道倭军不被打疼，他们是不会主动退却的，除非找到对方的“命门”，给他们致命一击。他召集所有的中高层将领天天开会，讨论的就是这个问题，只是没人能说出个靠谱点的策略。
这天的下午时分，钟南见回营的施长廷又是愁眉不展，便知道今天的讨论肯定还是没结果，他走到上司身边，随意问了问，“将军，还没有定下方案吗？”
“是啊，圣上又要求以稳为重，所以没有什么太好的办法。”参将大人很无奈。
“不能烧掉倭军的粮草吗？”钟南问道。
“不是没人提这个方案，只是一来不好确定粮草位置，二来就是烧粮草不可能派大队人马，人太少成功机率就太小，所以被否定了。”施长廷见钟南如此发问，料定自己这个精明的小将当有奇思妙想，他试探着问：“你觉得这个方案可行？”
钟南不敢托大，只是说“有可能”，施长廷便让他先行讲讲，听完后觉得大有道理，于是拉着钟南来到了李如松的帅营。通报过后，两人进了营帐，此时的李如松正坐在椅子上沉思，见人来到后立刻问道：“施参将有何良策？”
“不是我，是他想到的！”施长廷指着钟南。
“哦……是何计谋？”
“烧粮草。”钟南的回答简单有力。
“可粮草在何处？”
“很简单，之前朝鲜军的大粮仓在哪里如今倭军的粮草就在哪里。”钟南回答。
“何以见得？”李如松继续发问。
“倭军才攻下朝鲜不久，哪里有时间去大规模转移粮草，所以无论他们愿不愿意，都只能使用之前的粮仓；至于朝鲜的大粮仓在哪里，相信无论朝鲜国王还是他们的大将应该没谁不知道吧！”钟南的说法的确让人无法反驳，李如松对这个家伙是越来越欣赏了。
“既然这个方案是你想出来的，那烧粮草的任务你可敢接吗？”李如松笑道。
“有何不敢，曹孟德夜袭乌巢不就是先例吗！”钟南并不怵。
“好好好……”李如松大笑，“那本帅给你五百人马，等你凯旋归来！”
钟南语气淡淡地说道：“那就麻烦大帅打听好粮仓的位置，我先去挑人。”
“没问题，整个东征大军中的人马随你挑选！”
“多谢大帅，烦请大帅给我挑选三百辽东精骑，我再自青州营里挑两百个兄弟即可。”钟南简单的两句话就确定了人选，随后转身告辞，一点也不拖泥带水。
当天夜里，钟南带着五百人马，马裹蹄人衔枚，借着夜色静悄悄地来到了龙山大仓。龙山大仓是原来的朝鲜国家粮仓，积贮了朝鲜数十年的粮食，汉城被倭军占领后无法转移，于是就地征用，包括之后倭军收刮的粮草也大多储藏于此。钟南的这支敢死队到达龙山后，发现倭军对粮仓的防守并不十分严密，不知是没来得及还是觉得不需要，他暗道一声“天助我也”，随后一马当先冲了进去，并将第一支火箭射向了其中的一个粮仓，身边的明军也快马加鞭，冲进营地后如法炮制，将火箭射向了每一个粮仓。
转眼间，十三座大仓便燃起了熊熊大火，驻守的倭将大惊失色，一边派人救火，一边派人诛杀明军敢死队。钟南让大家继续发射火箭，直到每个人都射光了随身携带的箭矢才罢休，看着吞天的火势，他知道倭军再怎么救火也没用了，这数十万石粮食，将会被烧的一干二净。只是没想到这一耽搁，倭军便围了上来，少说也有一两千人，估计是护卫粮食的所有倭军。
倭军将士深知龙山大仓的重要性，这群人从上至下都明白：粮草被烧，他们肯定难逃军法处置，于是人人都发起疯来，不要命地缠着敢死队。钟南见此情形，果断让辽东精骑先行撤退，自己带着青州兵断后，五百人马不敢恋战，且战且退，好不容易才逃出城外。钟南清点了一下人马，发现只剩下不到一百五十人，而且活下来的几乎个个带伤，连他的肩部都被火绳枪击中，额头上也有一处倭军箭矢留下的伤口，幸运的是都不致命。想到三百多个弟兄就这样埋骨他乡，钟南心里唏嘘不已，不过眼下不是矫情的时候，他没多做停留，招呼着剩余的弟兄们马不停蹄地赶回了明军大营。
大营门口，李如松正带着所有的高层将领们，焦急地等待着消息，当稀稀拉拉的马蹄声传来时，众人精神为之一震。远远望去，只见钟南带着为数不多的明军正向他们骑来，虽然兵稀马少，却没有半分颓废之色。距离将近时，钟南挥动马鞭，加快速度来到诸位将领面前，随后跃下马来，对着李如松等人半跪拱手说道：“大帅，诸位将军，我等幸不辱命！”
“好，好，好！”李如松仰天长啸，“钟南，你再立奇功，本帅决不食言，定当亲自向皇上为你请功！另外今晚参战的所有士兵，也都统统有赏！”
“谢大帅，谢皇上！”余下的敢死队成员们大声回应。
龙山一战后，明军扭转了势均力敌的态势，倭军粮草一失，全线被动，陷入了前所未有的困境，虽然之后和明军又打了数场小仗，气焰却远不如初时那般嚣张了。想想也是，倭军初入朝鲜时，仅陆上士兵就有九万六千余人，当各队重新在汉城集结时，剩下的还不到五万三千人，减员四万三千余人，占总数的百分之四十五左右，近半的折损率几乎都是明军造成的。
同时倭军在海上也没讨到多少便宜，尽管大明王朝没有派遣水师将士，可是他们却被朝鲜名将李舜臣的“龟甲船”折磨得苦不堪言，想在海上占得便宜的打算也落了空。如今倭军减员严重，再加上粮仓被焚，军心越来越不稳定，一番权衡过后，丰臣秀吉主张双方议和。
明军在碧蹄馆之战后锐气受挫，而且兵力远少于倭军，除非再次增兵，不然也并不具备再次决战的条件。时任兵部尚书石星是主和派代表人物，他反对对朝增兵，皇帝也被说动了。既然双方都不想继续打下去，那么就有了议和的可能。
于是从三月中旬到四月中旬，两国的和谈在官员层面已经进行得差不多了，剩下的就是等待万历和丰臣秀吉批准了。不过这些事情对钟南和其他前线的将士们来说，并无一丝意义，他们希望的只是可以早日回家。
四月十八日，倭军全部撤离汉城，并交还了俘虏的朝鲜二王子，李如松于十九日率明军及朝鲜军进入汉城，五月十五日渡汉江进至庆州。在庆州对明军、朝鲜军和朝鲜义兵作了部署之后，李如松便返回京师。至此，除全罗和庆尚二道部分沿海地区为倭军占领外，其余各地全部收复。
七月底，明军留下一万人驻守朝鲜，余下的东征援朝军也终于载誉回国了。